Intorno al 3000 a.C., la prosperità che questo commercio aveva portato attirò molte genti che si insediarono sulla fortezza naturale di Lipari costituita dal "Castello"
Il Castello di Lipari è un masso di riolite isolato che si protende nel mare con pareti dirupate e che forma due piccole insenature adatte ad un ricovero portuale: la Marina Lunga a nord e la Marina Corta a sud. È una vera fortezza naturale e certo per questa ragione fu sede degli abitati del tardo neolitico e dell'età del bronzo e fu più tardi l'acropoli della città greca, romana e medioevale nonché la fortezza dell'epoca spagnola.
Nel 2000 a.C. sorgono nelle isole di Lipari, Salina, Filicudi e Panarea grandi e popolosi insediamenti di capanne di un tipo del tutto nuovo: tondeggiante, circondato da un muro di pietre e fango.
Testimonianza di tali insediamnenti sono tuttora visibili:
• a Panarea - Punta Milazzese-Cala Junco (età del Bronzo Medio);
• a Stromboli - San Vincenzo (età del Bronzo Antico-Medio);
• a Salina - Portella (età del Bronzo Medio);
• a Filicudi - Filo Braccio (età del Bronzo Antico) e Capo Graziano (età del Bronzo Antico);
Ricostruzione del villaggio preistorico di Punta Milazzese a Panarea
Nuove forme di ceramiche e un nuovo stile di decorazione (locale è la singolare ceramica dipinta policroma, sviluppatasi nella prima metà del III secolo a.C. e della quale è massimo esponete il "Pittore di Lipari"). Fra le terracotte figurate, oltre a quelle di argomento sacrale, numerosissime sono quelle di argomento teatrale come le famose maschere.
Di straordinario interesse è anche la piccola stufa termale (tholos) di S.Calogero, costruita ad imitazione delle grandi tombe principesche di Micene.
Di straordinario interesse è anche la piccola stufa termale (tholos) di S.Calogero, costruita ad imitazione delle grandi tombe principesche di Micene.
Dopo il periodo fiorente dello stile di Diana, in cui l'ossidiana era stata la fonte di ricchezza per l'isola, la rivoluzione conseguente all'avvento della metallotecnica comporta due fattori di impoverimento per Lipari e tutte le Eolie. Il primo, immediato, è la sostituzione dell'ossidiana con il bronzo più facilmente lavorabile, meno fragile e non dipendente da una singola fonte di approvvigionamento. Il secondo fattore consegue al miglioramento della marineria dotata di navi più moderne, che consentono di intraprendere navigazioni più lunghe e non più legate ai percorsi costieri.
Il periodo successivo, tra il 1400 ed il 1300 a.C., detto della media Età del bronzo, è caratterizzato da inumazioni singole rannicchiate entro grandi vasi (pithoi) normalmente chiusi da una lastra di pietra attualmente conservati nel Museo archeologico di Lipari. Le ceramiche sono molto lavorate e assumono la forma di orci globulari e bottiglie ma anche di amuleti in terracotta e monili.
Gli scambi non sono più solo con l'area di cultura greca od orientale ma anche con quella italica ed egiziana.
Le popolazioni rozze della Calabria e della Puglia, Ausoni, Siculi e Morgeti, probabilmente attratte dalla ricchezza della Sicilia e delle sue isole settentrionali, la invadono distruggendo le precedenti vestigia. Questi invasori prevalgono senza difficoltà sulle popolazioni ricche e scarsamente bellicose che nel corso di quasi quattro secoli si erano dedicate al commercio e non alla guerra.
La tarda età del bronzo durata circa 350 anni (1200-850 a.C.), caratterizzata dalla dominazione dei re italici, fu un buon periodo per Lipari come è dimostrato dalla qualità e dalla tipologia dei reperti archeologici. Non così fu anche per le altre isole dell'arcipelago che risultano prive di insediamenti umani per tutti questi secoli.
Un evento catastrofico, questa volta di origine vulcanica, genera una distruzione improvvisa con il crollo di tutti i villaggi che seppelliscono al loro interno quantità incredibili di materiali vari (ceramiche, monili..). Nessuna ricostruzione avverrà per oltre due secoli e mezzo sino all'avvento dei greci nell'ambito della loro colonizzazione di tutta la Sicilia: la rifondazione dell'acropoli di Lipari è datata 580 a.C. e sino a questa data l'isola è rimasta totalmente disabitata.
Fu dunque nel 580 a.C., dopo circa 300 anni di abbandono, che i greci, nella loro opera colonizzatrice del mediterraneo, arrivarono sino alle isole Eolie insediandosi a Lipari e prendendo possesso di quella che sarebbe divenuta l'acropoli.
Ricostruzione dell'acropoli greca di Lipari
Il IV secolo a.C. sarà un buon periodo per le Isole Eolie ed i suoi abitanti. L'alleanza con la potente Siracusa, l'agiatezza dovuta ai traffici marittimi sempre più intensi tra il mondo greco ed il Mediterraneo settentrionale nonché, forse, un certo uso disinvolto della difesa dai pirati che sconfinava nella pirateria stessa, fecero arricchire la popolazione che iniziò a costruire templi agli dei ed a conservare in essi beni di lusso. Si ricordano di questo periodo i templi di Eolo e di Diana a Lipari, di Efesto a Vulcano e di Apollo a Salina.
La vittoria dei Romani, durante le guerre puniche, portò alla conquista delle terre siciliane. I Romani però, non ancora pienamente consapevoli dell'importanza del dominio marittimo, lasciarono presto le Eolie occupandosi delle battaglie terrestri con le ben note vicende storiche.
Nel 251 a.C. dunque si può considerare conclusa l'avventura greca delle genti eoliane che da questa civilizzazione, durata 330 anni circa, hanno ricevuto moltissimo. Sopra ogni altra cosa la cultura, che è divenuta la base di tutto il pensiero occidentale, la capacità di navigare e l'amore per il teatro. Di quest'ultimo rimangono evidenti resti sul Castello insieme ad un cospicuo numero di terrecotte raffiguranti maschere del teatro greco classico conservate nel Museo Archeologico eoliano a Lipari. Al periodo greco fanno capo anche le numerose tombe site in località Diana.
Il periodo romano fu un periodo tranquillo ma non molto florido sia a causa dei danni e le devastazioni subite nel corso delle guerre puniche sia per le eruzioni vulcaniche che, negli ultimi secoli prima di Cristo, furono particolarmente vivaci. In questo periodo infatti, tra gli altri fenomeni di minore entità, ci fu la eruzione di un nuovo cratere nell'isola di Vulcano che dette luogo al promontorio oggi conosciuto come Vulcanello (183 a.C.).
Per effetto della legalizzazione della fede cristiana e del conseguente aumento dei suoi seguaci, a Lipari come altrove, iniziarono ad edificare basiliche sempre più imponenti per poter contenere folle via via più numerose. Le basiliche in cui era allocata la sedia vescovile divennero chiese cattedrali e in esse venivano custodite le reliquie più preziose.
La presenza di San Bartolomeo a Lipari è stata condizionante per buona parte del primo millennio cristiano ed ancora ai giorni nostri mantiene tracce evidenti nell'isola.
Il V ed il VI secolo d.C. vedono l'Italia terreno di preda e di scontro tra orde barbariche succedutesi una dopo l'altra. I Goti, i Visigoti, i Vandali, gli Eruli si combatterono tra loro e con la popolazione residente distruggendo in maniera sistematica le tracce di quella che fu la più grande civiltà mai esistita.
A cavallo tra il VI ed il VII secolo, sopite le nefandezze barbariche degli anni passati, un nuovo periodo di relativa tranquillità ebbe luogo allorché la corte imperiale di Costantinopoli volle iniziare un processo di bizantinizzazione dell'Italia partendo, come sempre, dalla Sicilia. Dopo la caduta dell'Impero Romano d'Occidente, le isole Eolie, al volgere dell'ottavo secolo d.C., non appartenevano a nessuno in quanto non interessavano a nessuno. Non a Bisanzio, lontana e fortemente impegnata a contenere i saraceni; non al Papato se non per la presenza di un vescovo relativamente importante (ce ne sono tracce al Concilio di Nicea concluso nel 787); non ai Longobardi che non si spinsero mai così a meridione; non ai Franchi il cui interesse era quello di impadronirsi dell'Italia spartendola con il Papato (da qui nacque il Patrimonio di san Pietro); non ancora ai musulmani rivolti verso la Spagna per chiudere in una morsa tutte le terre cristiane.
Nell'838, dopo aver conquistato quasi tutta la Sicilia, i saraceni si rivolsero al controllo dello Stretto di Messina e, come sempre era avvenuto nei secoli passati, pensarono bene di occupare preventivamente le isole Eolie. L'occupazione fu quanto di più cruento fosse mai avvenuto nella storia delle isole. Tutta la popolazione fu uccisa o ridotta in schiavitù con modestissime eccezioni di qualche monaco e di alcune famiglie del contado che per generazioni continueranno a sopravvivere e a tramandare memoria.
Inoltre profanarono le reliquie di San Bartolomeo, che, raccolte da alcuni vecchi monaci scampati all'eccidio, furono l'anno seguente trasportate a Salerno e di lì a Benevento.
Il basso medioevo, fu un periodo di grande fermento culturale in tutta europa. È quindi dal nord che arriva una nuova popolazione di guerrieri a riprendere possesso delle terre dominate dai musulmani. Passando da Gibilterra e attraversando l'Italia con il fine dichiarato di riconquistare Gerusalemme e la Terra Santa, i Normanni mettono sotto il loro dominio tutte le terre su cui passano.
Nel 1083 installarono a Lipari l'abate Ambrogio con un nucleo di monaci benedettini. Intorno al monastero, di cui restano vestigia a fianco della cattedrale, tornò a formarsi un nucleo urbano.
Nel 1131 fu ricostituita la sede vescovile di Lipari unita a quella di Patti. Roberto I re di Napoli, nel 1340, si impadronì di Lipari. Nel 1540 la città fu saccheggiata dal feroce corsaro Ariadeno Barbarossa, che portò via gli infelici abitanti, come schiavi.
Lipari venne successivamente riedificata e ripopolata da Carlo V e da allora seguì le sorti della Sicilia e del reame di Napoli.